Пассажирский самолет Як-42Д предназначен для эксплуатации на авиалиниях средней протяженности. По компоновке представляет собой моноплан со свободнонесущим стреловидным низкорасположенным крылом. Самолет имеет стреловидное хвостовое оперением с верхним расположением стабилизатора.
На Як-42Д установлены три экономичных малошумных турбовентиляторных двигателя. Автономный пуск двигателей, бортовой и хвостовой трапы для входа в салон дают возможность эксплуатировать самолет на малооборудованных аэродромах. В нижней части фюзеляжа, под полом, расположены два грузовых отсека для перевозки грузов, почты, и багажа в стандартных контейнерах, погрузка которых производится через наружные бортовые люки. ЯК-42Д в стандартном (базовом) варианте компоновки и комплектации оборудован для полетов по Международным и Внутренним авиалиниям и рассчитан на перевозку 120 пассажиров в варианте эконом-класса. Для обеспечения возможности полетов за рубежом в Европейском регионе в настоящее время на самолетах Як-42Д установлены и сертифицированы:
система спутниковой навигации GPS,
система предупреждения опасного сближения самолетов в воздухе TCAS-II серии 7,
оборудование для обеспечения полетов в условиях RVSM,
система раннего предупреждения близости земли СРПБЗ,
радиостанции, работающие в диапазоне частот 8,33 кГц.
По желанию заказчика салон самолета может быть значительно переоборудован: в настоящее время разработаны и внедрены различные компоновки пассажирского салона от 90 до 126 пассажиров. Самолет может также быть переоборудован в грузовой и грузопассажирский варианты. Для индивидуальных заказчиков разрабатываются VIP-компоновки для различного количества пассажиров.